A última vez que o Botafogo participou do Campeonato Brasileiro da Série C foi em 2003. Nas temporadas seguintes – 2004 e 2005 – o time botafoguense acabou não se classificando para a competição nacional.

Em 2003, o alvinegro da Maravilha do Contorno fez parte do GRUPO 9, ao lado do Sousa Esporte Clube (PB) e Corinthians (AL). O Botafogo ainda teve o artilheiro da competição, Nilson Sergipano, com 13 gols.

O Botafogo terminou em primeiro lugar no seu clube. Na segunda fase, mata-mata, o Botafogo superou o CSA (AL). Na terceira fase, mata-mata, o representante de João Pessoa deixou o Sergipe no caminhou. O Botafogo teve como adversário na quarta fase, o Palmas e também avanço até chegar ao quadrangular final ao lado de Campinense (PB), Ituano e Santo André (SP).

Os paulistas se deram bem e subiram para a Série B. O Botafogo ficou com a terceira colocação e o Campinense foi o último. Confira toda campanha do Botafogo na sua última participação na Série C do Brasileiro, em 2003.

Primeira fase

21/09/03 Botafogo 2×1 Sousa Almeidão

24/09/03 Corinthians 0x1 Botafogo Nélson Feijó

28/09/03 Botafogo 3×1 Corinthians Almeidão

01/10/03 Sousa 1×0 Botafogo Marizão

Segunda fase

Grupo 37 CSA-AL 1×2 Botafogo-PB Rei Pelé

Grupo 37 Botafogo-PB 2×2 CSA-AL Almeidão

Terceira fase

Grupo 61 Sergipe-SE 0x0 Botafogo Batistão

Grupo 61 Botafogo 4×2 Sergipe-SE Almeidão

Quarta fase

Grupo 79 Botafogo 5×2 Palmas-TO Almeidão

Grupo 79 Palmas-TO 2×1 Botafogo Nílton Santos

Quinta fase – final

20/11/2003 – Quinta-feira

20:30 Ituano 2×1 Botafogo Dr. Novelli Júnior

2ª RODADA

23/11/2003 – Domingo

16:00 Botafogo 1×3 Santo André Almeidão

3ª RODADA

26/11/2003 – Quarta-feira

20:30 Botafogo 1×0 Campinense Almeidão

4ª RODADA

30/11/2003 – Domingo

16:00 Campinense 3×0 Botafogo Amigão

5ª RODADA

03/12/2003 – Quarta-feira

20:00 Santo André 0x1 Botafogo Bruno José Daniel

6ª RODADA

07/12/2003 – Domingo

16:00 Botafogo 4×4 Ituano Almeidão